{"id":3703,"date":"2026-01-15T12:17:11","date_gmt":"2026-01-15T17:17:11","guid":{"rendered":"https:\/\/laboratorytesting.com\/?page_id=3703"},"modified":"2026-01-15T12:47:58","modified_gmt":"2026-01-15T17:47:58","slug":"using-qpcr-to-detect-sewage-contamination","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/resources\/dna-pcr\/using-qpcr-to-detect-sewage-contamination\/","title":{"rendered":"Utilisation de la qPCR pour d\u00e9tecter la contamination des eaux us\u00e9es"},"content":{"rendered":"
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Utilisation de la qPCR pour d\u00e9tecter la contamination des eaux us\u00e9es<\/h2>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Les hygi\u00e9nistes industriels et les professionnels de la sant\u00e9 environnementale sont fr\u00e9quemment sollicit\u00e9s pour d\u00e9terminer la pr\u00e9sence d'une contamination f\u00e9cale apr\u00e8s des d\u00e9bordements d'\u00e9gouts et des inondations dues \u00e0 des orages. Nombre d'entre eux ont recours aux tests traditionnels de recherche de bact\u00e9ries indicatrices de contamination f\u00e9cale (FIB), qui consistent \u00e0 cultiver les coliformes totaux et les coliformes f\u00e9caux., E. coli<\/em>, ou Ent\u00e9rocoques<\/em> Pour ces applications, bien qu'il soit largement admis que ces tests ne sont ni suffisamment sp\u00e9cifiques ni suffisamment sensibles pour \u00eatre consid\u00e9r\u00e9s comme de bons indicateurs de contamination f\u00e9cale, ils \u00e9taient les seuls disponibles jusqu'\u00e0 r\u00e9cemment. Gr\u00e2ce \u00e0 la commercialisation de la r\u00e9action en cha\u00eene par polym\u00e9rase (en particulier la PCR quantitative ou qPCR), aux tests g\u00e9nomiques et aux recherches compl\u00e9mentaires sur l'utilisation d'autres organismes indicateurs de contamination f\u00e9cale, nous disposons d\u00e9sormais de tests plus sensibles et sp\u00e9cifiques pour d\u00e9terminer la pr\u00e9sence de contamination f\u00e9cale ou d'eaux us\u00e9es.<\/p>

Les mati\u00e8res f\u00e9cales contiennent une quantit\u00e9 extraordinaire de micro-organismes\u00a0: bact\u00e9ries, virus, protozoaires et helminthes, dont certains sont pathog\u00e8nes. Cependant, il est techniquement impossible de cultiver tous les types d\u2019organismes pathog\u00e8nes pr\u00e9sents dans les mati\u00e8res f\u00e9cales, et le co\u00fbt serait prohibitif. Les tests traditionnels de d\u00e9tection des indicateurs de contamination f\u00e9cale (ICF) par culture \u00e9tant simples et peu co\u00fbteux, ils sont utilis\u00e9s depuis plus de 60\u00a0ans comme indicateurs de la pr\u00e9sence potentielle de pathog\u00e8nes dans les mati\u00e8res f\u00e9cales. N\u00e9anmoins, la communaut\u00e9 scientifique reconna\u00eet depuis longtemps les s\u00e9rieuses limites de ces tests lorsqu\u2019ils sont utilis\u00e9s comme indicateurs fiables de contamination f\u00e9cale dans les \u00e9chantillons d\u2019eau. Ces limites sont encore plus marqu\u00e9es lorsque les ICF par culture sont utilis\u00e9s pour l\u2019analyse d\u2019\u00e9chantillons de surface ou de grande quantit\u00e9 dans les environnements int\u00e9rieurs.<\/p>

L'Agence de protection de l'environnement (EPA), l'Institut d'\u00e9tudes g\u00e9ologiques des \u00c9tats-Unis (USGS) et de nombreux chercheurs \u00e0 travers le monde m\u00e8nent des recherches sur de nouvelles m\u00e9thodes d'indicateurs utilisant des techniques rapides plut\u00f4t que des cultures. L'utilisation de la technologie qPCR pour le d\u00e9pistage de la virulence totale s'est av\u00e9r\u00e9e la plus prometteuse \u00e0 ce jour. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>, humain Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>, et les polyomavirus humains (HPyV), qui se sont r\u00e9v\u00e9l\u00e9s tr\u00e8s sp\u00e9cifiques et sensibles pour cette application. Selon les \u00e9tudes, il n'existe aucune association, ou tout au plus une association faible, entre la pr\u00e9sence ou l'absence de ces nouveaux indicateurs et les r\u00e9sultats des tests FIB en culture. En d'autres termes, les tests FIB en culture pr\u00e9sentent un pourcentage \u00e9lev\u00e9 de faux positifs et de faux n\u00e9gatifs, tandis que Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Les esp\u00e8ces sont tr\u00e8s sp\u00e9cifiques \u00e0 la contamination f\u00e9cale, et les HPyV sont tr\u00e8s sp\u00e9cifiques \u00e0 la contamination f\u00e9cale humaine.<\/p>

Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Ce sont des bact\u00e9ries ana\u00e9robies qui pr\u00e9dominent dans les f\u00e8ces des mammif\u00e8res et de certains oiseaux. Les estimations indiquent que Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> sont pr\u00e9sentes en concentrations \u00e9normes dans les mati\u00e8res f\u00e9cales (100 000 000 000 cellules par gramme de mati\u00e8res f\u00e9cales s\u00e8ches !) \u2013 bien plus nombreuses que les coliformes, E. coli<\/em>, ou Ent\u00e9rocoques<\/em> concentrations. Puisque Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Ils ne peuvent survivre en pr\u00e9sence d'oxyg\u00e8ne, ils ne persistent ni ne se multiplient en dehors de l'intestin comme les fibroblastes intestinaux. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> ne sont pr\u00e9sents que dans les mati\u00e8res f\u00e9cales contamin\u00e9es \u2013 contrairement \u00e0 certaines coliformes qui sont des bact\u00e9ries pr\u00e9sentes dans le sol et E. coli<\/em> et certains Ent\u00e9rocoques<\/em> esp\u00e8ces qui peuvent ne pas \u00eatre sp\u00e9cifiques \u00e0 la contamination f\u00e9cale (c.-\u00e0-d., E. coli<\/em> On peut les trouver dans les eaux claires et les s\u00e9diments des latitudes tropicales, et certains Ent\u00e9rocoques<\/em> sont transport\u00e9s par le sol). Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>\u2019Le caract\u00e8re ana\u00e9robie de la PCR est un atout majeur pour la d\u00e9tection de la contamination f\u00e9cale ou des eaux us\u00e9es. Comme la PCR d\u00e9tecte le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique (ici, l'ADN) sans n\u00e9cessiter la culture de micro-organismes vivants, ces tests ne requi\u00e8rent ni transport sp\u00e9cial ni d\u00e9lais d'attente particuli\u00e8rement courts. De plus, le test est tr\u00e8s sensible compar\u00e9 \u00e0 la FIBS. Par cons\u00e9quent, le caract\u00e8re ana\u00e9robie de la PCR est un avantage consid\u00e9rable. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>, Leur concentration \u00e9lev\u00e9e dans les selles, ainsi que la sensibilit\u00e9 et la sp\u00e9cificit\u00e9 de la qPCR, rendent le d\u00e9pistage de ces bact\u00e9ries plus simple et plus efficace que les tests de culture FIB. (Il existe des tests qPCR pour E. coli<\/em> et Ent\u00e9rocoques<\/em> mais en raison des concentrations relativement faibles de ces bact\u00e9ries dans les mati\u00e8res f\u00e9cales, elles peuvent ne pas \u00eatre d\u00e9tect\u00e9es si la mati\u00e8re f\u00e9cale est dilu\u00e9e.)<\/p>

Diff\u00e9rents types de Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Des bact\u00e9ries existent, permettant aux analystes de d\u00e9tecter des types sp\u00e9cifiques de contamination. L'un d'eux, appel\u00e9 contamination totale, en est un exemple. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>, englobe des sources mammif\u00e8res, certaines sources aviaires et humaines. En raison de la sensibilit\u00e9 de l'ensemble Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Pour le test qPCR, il est crucial d'inclure des \u00e9chantillons de fond provenant de zones non contamin\u00e9es ou non impact\u00e9es par des eaux us\u00e9es ou des mati\u00e8res f\u00e9cales. (Ce test peut m\u00eame d\u00e9tecter une contamination crois\u00e9e f\u00e9cale par des chaussures sales ou des t\u00eates de balai-serpilli\u00e8re.)<\/p>

Un autre type de test qPCR, humain Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>, Ce test est largement sp\u00e9cifique aux sources humaines puisqu'il cible des marqueurs g\u00e9n\u00e9tiques humains. Concr\u00e8tement, cela signifie que les r\u00e9sultats peuvent \u00eatre interpr\u00e9t\u00e9s avec un haut degr\u00e9 de fiabilit\u00e9, car ce test est sp\u00e9cifique aux mati\u00e8res f\u00e9cales humaines.<\/p>

Des \u00e9l\u00e9ments indiquent que les HPyV sont encore plus sp\u00e9cifiques que les Bacteroides humains. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Les HPyV et les cystic\u00e9nites humaines (HPyV) se distinguent par leur localisation\u00a0: les HPyV se trouvent dans les mati\u00e8res f\u00e9cales, tandis que les HPyV se trouvent uniquement dans l\u2019urine humaine. Comme l\u2019urine et les mati\u00e8res f\u00e9cales sont excr\u00e9t\u00e9es ensemble, ce virus est pr\u00e9sent en fortes concentrations dans les eaux us\u00e9es et les \u00e9gouts urbains. De plus, les HPyV sont de bons indicateurs de contamination f\u00e9cale humaine et utiles pour le tra\u00e7age des sources microbiennes, car ils ne sont pas pr\u00e9sents dans les eaux de ruissellement issues de l\u2019agro-industrie ou des \u00e9levages intensifs. (Remarque\u00a0: les HPyV seront pr\u00e9sents dans les eaux de ruissellement issues des activit\u00e9s agricoles des pays en d\u00e9veloppement o\u00f9 les excr\u00e9ments humains, ou \u201c\u00a0eaux noires\u00a0\u201d, sont utilis\u00e9s comme engrais ou lorsque les pratiques d\u2019assainissement sont insuffisantes.)<\/p>

Les HPyV ne sont pas pr\u00e9sents dans les eaux de surface o\u00f9 aucun impact humain n'est connu, ni dans les \u00e9chantillons de d\u00e9chets laitiers, de volaille ou de porc (qui contiennent tous des HPyV). Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em>D'apr\u00e8s les \u00e9tudes, ces virus sont sp\u00e9cifiques \u00e0 l'esp\u00e8ce humaine et omnipr\u00e9sents chez l'\u00eatre humain \u00e0 travers le monde. Un individu en bonne sant\u00e9 peut excr\u00e9ter un million de ces particules virales dans un millilitre d'urine, ce qui facilite leur d\u00e9tection. Tout cela laisse entrevoir la possibilit\u00e9 d'un test extr\u00eamement sp\u00e9cifique et sensible pour la contamination f\u00e9cale humaine, encore plus performant que le test humain. Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> analyse.<\/p>

Malgr\u00e9 la diff\u00e9rence des sources, Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Les HPyV et les HPyV partagent une similitude importante\u00a0: les laboratoires d\u2019analyse peuvent les d\u00e9tecter tr\u00e8s rapidement. La qPCR \u00e9tant utilis\u00e9e pour rechercher les deux indicateurs, les analystes peuvent examiner les \u00e9chantillons et fournir les r\u00e9sultats au client en 24\u00a0heures. Ce d\u00e9lai d\u2019ex\u00e9cution rapide est impossible avec les tests de d\u00e9tection des FIB bas\u00e9s sur la culture, car les bact\u00e9ries doivent \u00eatre cultiv\u00e9es avant m\u00eame l\u2019analyse.<\/p>

Comme les HPyV sont des virus et non des bact\u00e9ries, ils pourraient \u00e9galement s'av\u00e9rer d'excellents indicateurs de la pr\u00e9sence d'ent\u00e9rovirus (virus pr\u00e9sents dans les selles). Si tel est le cas, cela repr\u00e9senterait une avanc\u00e9e majeure pour l'\u00e9valuation de la transmission et de la pr\u00e9valence des ent\u00e9rovirus. Les proc\u00e9dures actuelles de l'American Public Health Association (APA) relatives aux m\u00e9thodes standardis\u00e9es pour les ent\u00e9rovirus sont tr\u00e8s laborieuses et n\u00e9cessitent le pr\u00e9l\u00e8vement d'\u00e9chantillons de tr\u00e8s grande taille (100 \u00e0 1\u00a0500 litres). Ce facteur complique le processus d'analyse, car la r\u00e9glementation actuelle du D\u00e9partement des Transports des \u00c9tats-Unis (DOT) interdit le transport inter\u00e9tatique de mati\u00e8res biologiques dangereuses en volumes sup\u00e9rieurs \u00e0 4 litres. En cons\u00e9quence, les \u00e9chantillons sont souvent filtr\u00e9s sur le terrain, puis les filtres sont exp\u00e9di\u00e9s au laboratoire. Ces \u00e9tapes augmentent consid\u00e9rablement les risques de contamination des \u00e9chantillons, risques qui pourraient \u00eatre \u00e9vit\u00e9s si les HPyV \u00e9taient utilis\u00e9s comme indicateurs.<\/p>

Puisqu'il existe d\u00e9sormais divers tests de d\u00e9pistage de la contamination f\u00e9cale, la question qui se pose est : \u201c Comment choisir entre ces tests ? \u201d<\/p>

Si votre pr\u00e9occupation concerne la contamination par les eaux de surface, les eaux fluviales ou les eaux pluviales apr\u00e8s une inondation, le total Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> est le meilleur choix car le ruissellement des rues (d\u00e9jections canines), le ruissellement contamin\u00e9 par le fumier provenant des activit\u00e9s agricoles et les d\u00e9bordements des stations d'\u00e9puration unitaires (eaux us\u00e9es et pluviales) sont pr\u00e9occupants. Dans ce cas, il existe un risque de maladies humaines caus\u00e9es par des sources de contamination animales et humaines. Total Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> indiquera la pr\u00e9sence de tous ces contaminants potentiels.<\/p>

L'humain Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Le test est la meilleure option si vous craignez un refoulement des toilettes ou un d\u00e9bordement du r\u00e9seau d'\u00e9gouts (qui ne traite que les eaux us\u00e9es humaines). L'utilisation de Bacteroides d'origine humaine \u00e9limine pratiquement toute contamination par les animaux domestiques.<\/p>

Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> peut \u00eatre utilis\u00e9 pour l'\u00e9chantillonnage de surface ou en vrac de l'environnement int\u00e9rieur, des \u00e9chantillons d'eau, d'eaux us\u00e9es et de sol non autoris\u00e9s, \u00e0 des fins d'investigation ou de recherche, puisqu'il n'existe aucun permis stipul\u00e9 ni aucune exigence l\u00e9gale.<\/p>

Toutefois, si vous pr\u00e9levez des \u00e9chantillons d'eau potable, d'eau de loisirs ou d'effluents d'eaux us\u00e9es dans le cadre d'une \u00e9valuation de conformit\u00e9 \u00e0 une condition de permis r\u00e9glement\u00e9e du Syst\u00e8me national de pr\u00e9vention et d'\u00e9limination des rejets (NPDES), vous \u00eates toujours tenu d'utiliser des m\u00e9thodes FIB d\u00e9pendantes de la culture pour les coliformes, E. coli ou les ent\u00e9rocoques.<\/p>

\u00c0 ce jour, les recherches utilisant les tests PCR HPyV ont \u00e9t\u00e9 limit\u00e9es \u00e0 la d\u00e9tection de la contamination f\u00e9cale humaine dans l'eau et les eaux us\u00e9es. Leur utilisation n'ayant pas \u00e9t\u00e9 valid\u00e9e pour les \u00e9chantillons de surface, de sol ou de s\u00e9diments, l'\u00e9chantillonnage de ces derniers devrait \u00eatre restreint aux eaux de surface et aux eaux us\u00e9es. L'avantage de l'utilisation des HPyV dans ce cas pr\u00e9cis r\u00e9side dans l'\u00e9limination compl\u00e8te de la contamination de fond par des mati\u00e8res f\u00e9cales animales.<\/p>

En r\u00e9sum\u00e9, les avantages de l\u2019utilisation des tests PCR au lieu des FIB de culture sont les suivants\u00a0:<\/p>

  1. Les tests FIB de culture actuels pr\u00e9sentent un pourcentage \u00e9lev\u00e9 de faux positifs et de faux n\u00e9gatifs, tandis que le total Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> sont sp\u00e9cifiques \u00e0 la contamination f\u00e9cale.<\/li>
  2. Contrairement aux tests d'enrichissement qualitatifs permettant de d\u00e9tecter les FIBS \u00e0 de faibles concentrations, ces tests PCR sont quantitatifs m\u00eame \u00e0 de faibles niveaux de contamination f\u00e9cale.<\/li>
  3. Humain Bact\u00e9ro\u00efdes<\/em> Les HpyV sont sp\u00e9cifiques de la contamination f\u00e9cale humaine uniquement. Les FIB de culture actuels ne permettent pas de distinguer les sources de contamination f\u00e9cale humaines et animales.<\/li>
  4. Les r\u00e9sultats peuvent \u00eatre obtenus quelques heures apr\u00e8s la r\u00e9ception des \u00e9chantillons, ce qui permet de fermer le b\u00e2timent et de commencer les travaux de d\u00e9pollution sans d\u00e9lai important.<\/li>
  5. Les r\u00e9sultats peuvent \u00eatre interpr\u00e9t\u00e9s avec un degr\u00e9 de confiance \u00e9lev\u00e9 puisque les tests PCR, lorsqu'ils sont effectu\u00e9s correctement, \u00e9liminent les faux positifs et les faux n\u00e9gatifs qui sont fr\u00e9quents avec les tests de culture FIB.<\/li><\/ol>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Using qPCR to Detect Sewage Contamination Industrial Hygienists and environmental health professionals are frequently asked to determine if fecal contamination exists after sewage overflows, and after flooding from storm events. Many have used the traditional fecal indicator bacteria tests (FIBs) […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":3346,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"content-type":"","footnotes":""},"class_list":["post-3703","page","type-page","status-publish","hentry","slug-using-qpcr-to-detect-sewage-contamination","odd_post_id"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3703","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3703"}],"version-history":[{"count":17,"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3703\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3725,"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3703\/revisions\/3725"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/3346"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/laboratorytesting.com\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3703"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}