Tests de dépistage du SARS-CoV-2 (COVID-19)
Contexte et transmission
Selon les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies (CDC), la COVID-19 est une maladie respiratoire contagieuse. La principale voie de transmission est la contagion entre personnes en contact étroit (à moins de deux mètres environ) par les gouttelettes respiratoires émises lorsqu'une personne infectée tousse ou éternue. Il est également possible de contracter la COVID-19 en touchant une surface ou un objet contaminé par le virus, puis en se touchant la bouche, le nez ou les yeux. Actuellement, la transmission par les surfaces n'est pas considérée comme le principal mode de propagation du virus. Cependant, la mise à jour du 13 avril des CDC précisait : “ La COVID-19 est une maladie nouvelle et nous sommes encore en train d’apprendre comment elle se propage et quelle est la gravité de la maladie qu’elle provoque. ”
Contamination de surface
Des études récentes suggèrent que le virus SARS-CoV-2 peut survivre et rester infectieux sur les surfaces pendant plusieurs heures, voire plusieurs jours, selon le type de matériau (tissu, carrelage, acier, etc.). Le nettoyage et la désinfection rigoureux des surfaces fréquemment touchées sont recommandés par les autorités sanitaires et considérés comme essentiels pour prévenir la propagation de l'infection¹. La présence ou l'absence de matériel génétique viral sur les surfaces peut désormais être détectée directement grâce au nouveau test moléculaire SARS-CoV-2 d'EMSL, permettant ainsi de démontrer l'efficacité des protocoles de nettoyage. Les résultats du test d'EMSL incluent les marqueurs N1 et N2 du virus 2019-nCoV. Il s'agit d'un test qualitatif de présence/absence.
EMSL est désormais accrédité par l'AIHA pour l'identification rapide du coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) par RT-qPCR sur prélèvement. Numéro d'accréditation AIHA : 100194.
Contamination de l'air
Selon les CDC, la COVID-19 se transmet principalement d'une personne à l'autre par les gouttelettes respiratoires. Lorsqu'une personne atteinte de la COVID-19 tousse, éternue ou parle, ces gouttelettes sont libérées et peuvent être inhalées ou se déposer dans le nez ou la bouche des personnes à proximité. Les CDC précisent également que les gouttelettes respiratoires peuvent se déposer sur les mains, les surfaces et les objets environnants lorsqu'une personne parle ou tousse. Les résultats des tests d'EMSL incluent les marqueurs N1 et N2 du virus 2019-nCoV. Il s'agit d'un test qualitatif de présence/absence.
Contamination des eaux usées
Des études récentes sur les eaux usées indiquent que le dépistage du SARS-CoV-2 dans les eaux usées non traitées constitue un outil épidémiologique important. EMSL propose un test RT-PCR pour le SARS-CoV-2 sur échantillons d'eaux usées, conçu pour détecter les marqueurs 2019-nCoV_N1 et 2019-nCoV_N2 du virus. Le protocole de ce test RT-PCR pour les eaux usées a été validé par EMSL et intègre des procédures de contrôle qualité rigoureuses afin de garantir des résultats fiables. Il s'agit d'un test quantitatif.
Dépistage du SARS-CoV-2 dans l'air, les surfaces et les eaux usées par qPCR
EMSL Analytical, Inc. accepte désormais les candidatures. Air, Écouvillon, et eaux usées des échantillons pour confirmer la présence du SARS-CoV-2 dans l'environnement, également connu sous le nom de COVID-19. Les échantillons cliniques ou d'origine humaine ne sont pas acceptés.
Le test RT-qPCR EMSL est actif contre le variant Delta du coronavirus
Selon les CDC, des variants génétiques du SARS-CoV-2 ont émergé et circulé dans le monde entier tout au long de la pandémie de COVID-19. Le variant SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) est apparu en Inde et est actuellement largement répandu. Le niveau de vigilance et de sécurité publique a été renforcé, car le variant Delta est potentiellement plus transmissible que les autres variants du coronavirus.
Le test RT-qPCR utilisé par EMSL pour la surveillance environnementale du SARS-CoV-2 détecte tous les variants connus du SARS-CoV-2, y compris le variant Delta. Les mutations du variant Delta affectent l'une des protéines structurales du coronavirus, appelée protéine Spike, tandis que le test RT-qPCR SARS-CoV-2 d'EMSL cible une autre partie du génome viral : la séquence d'ARN conservée du gène codant pour la protéine de la nucléocapside.
Bien que les efforts de vaccination actuels puissent réduire le risque d'infections individuelles, les modes de transmission de la maladie restent inchangés. Le dépistage de la composante environnementale de la contagion du SARS-CoV-2 demeure important, car les personnes vaccinées peuvent être porteuses et contagieuses du virus sans le savoir.
Analyse
EMSL utilise un test RT-qPCR ciblant le gène N de la nucléocapside du SARS-CoV-2. Cette méthode est préconisée par les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) et autorisée par la Food and Drug Administration (FDA) américaine pour le diagnostic clinique de la COVID-19. Étant donné que le gène de la RNase P humaine n'est pas analysé dans notre test, le test RT-qPCR EMSL ne peut être utilisé que pour les tests environnementaux et non pour le traitement des échantillons de SARS-CoV-2 de patients. De plus, comme les échantillons environnementaux contiennent fréquemment des substances inhibitrices de la qPCR présentes dans la terre, le sol et la poussière, susceptibles d'affecter les performances de la réaction, EMSL appliquera à chaque échantillon une méthode exclusive d'extraction d'acides nucléiques (AN). Ceci garantira l'élimination de tout inhibiteur de la qPCR ainsi que la détection précise de l'ARN viral cible.
Cliquez ici Pour en savoir plus, consultez le glossaire de terminologie du laboratoire d'ADN d'EMSL.
Interprétation des résultats Contamination
Les résultats des analyses SARS-CoV-2 (COVID-19) d'EMSL sont rapportés comme ‘ Détecté ’ ou ‘ Non détecté ’ pour deux indicateurs du SARS-CoV-2 par échantillon, conformément aux directives du CDC. Le premier indicateur est le 2019-nCoV_N1 et le second, le 2019-nCoV_N2. Ces deux indicateurs détectent le gène de la protéine de nucléocapside ‘ N ’ du coronavirus SARS-CoV-2. L'analyse des échantillons d'eaux usées est quantitative.
Un résultat ‘ Détecté ’ pour l’un ou l’autre indicateur peut être interprété avec certitude comme signifiant que la zone échantillonnée contenait des particules de coronavirus SARSCoV-2 pouvant être considérées comme potentiellement infectieuses.
Informations sur le test et délai d'exécution
Matrice Air et Écouvillon – Présence/Absence
Code de test EMSL : M330
Résultats communiqués en fin de journée
Délai d'exécution (TAT)
Le même jour
1 jour
2 jours
3 jours
4 jours
5 jours
Matrice des eaux usées – Présence/Absence Quantitative
Code de test EMSL : M330
Résultats communiqués en fin de journée
Délai d'exécution (TAT)
3 jours
5 jours
10 jours
Matériel d'échantillonnage et supports
Échantillon d'air :
Cassette PCR stérile, 0,4 µm, 37 mm, 3 pièces, filtre à air en polycarbonate pour PCR
- $7 chacun (USD) – Numéro d'article 8715309
Cassette PCR Via-Pore / Stérile, 1,0 µm, 37 mm, 3 pièces, Cassette remplie de carbone avec support
- $12 chacun (USD) – Numéro d'article 8715251
- $110 / Lot de 10 (USD) – Numéro d'article 8715250
Kit de pompe / Kit de pompe d'échantillonnage d'air PCR EMSL – Pompe à palettes rotatives à haut débit, support et rotamètre 3-30 LPM
- Location : $35 chacun (USD) par jour – Numéro d'article 87RD037
- Achat : $325 chacun (USD) – Numéro d'article 8706107
- Lot de 12 adaptateurs Luer (USD) – Numéro d'article 8704300K (requis)
Échantillon de prélèvement :
Écouvillons de surface stériles
- $5 chacun (USD) – Numéro d'article 8708935
Échantillon d'eaux usées :
Flacon stérile de 120 ml (seulement 100 ml sont nécessaires pour l'échantillonnage)
- $1 chacun (USD) – Numéro d'article 8714235
D'autres milieux de prélèvement peuvent être acceptés pour l'analyse du SARS-CoV-2, selon les protocoles établis. Des préparations de laboratoire supplémentaires pouvant être nécessaires, veuillez contacter EMSL avant de soumettre tout milieu de prélèvement alternatif.
Instructions d'échantillonnage et d'expédition
Veuillez suivre attentivement les instructions d'échantillonnage et d'expédition ci-dessous.
Chaîne de traçabilité (COC)
Cliquez ici Pour accéder au PDF modifiable du formulaire de consentement éclairé (COC) d'EMSL pour le test qPCR SARS-CoV-2, veuillez noter que tous les échantillons doivent être soumis via ce formulaire, faute de quoi ils ne seront pas traités.
Instructions pour le prélèvement d'échantillons d'air pour le SARS-CoV-2
Instructions d'échantillonnage et d'expédition
Porter un équipement de protection individuelle (EPI) approprié :
- Retirez l'écouvillon de son emballage en dévissant le bouchon. L'écouvillon sera fixé au fond du bouchon.
- Appuyez légèrement l'extrémité de l'écouvillon contre l'intérieur du récipient de transport pour éliminer l'excès de milieu de transport (liquide).
- Prélevez des échantillons de surface à l'aide d'un écouvillon (une surface de 25 cm² est courante, mais une surface précise n'est pas requise). Frottez avec une pression modérée en effectuant des mouvements dans au moins deux directions différentes et en faisant pivoter l'écouvillon afin d'utiliser toute sa surface. Évitez de laisser l'écouvillon sécher complètement.
- Immédiatement après le prélèvement, replacez l'écouvillon dans le récipient de transport et vissez fermement le bouchon.
- Essuyez l'extérieur du conteneur de transport avec une lingette alcoolisée et étiquetez l'extérieur du conteneur avec des identifiants d'échantillon uniques qui correspondront à la chaîne de traçabilité (COC) à soumettre.
- Nous recommandons de fournir un échantillon témoin (blanc de terrain) pour chaque projet. Cet échantillon témoin doit être manipulé de la même manière que les échantillons environnementaux : sur le lieu de travail, ouvrez l’emballage et retirez l’écouvillon du tube, sans frotter aucune surface. Replacez-le ensuite dans son emballage de transport.
- Placez tous les échantillons nécessaires à votre projet dans un sac Ziploc propre et fermez-le hermétiquement.
- Essuyez le sac Ziploc avec une lingette imbibée d'alcool et placez-le dans un autre sac Ziploc propre, puis fermez-le hermétiquement (les échantillons sont maintenant emballés dans un double sac).
- Nettoyez une dernière fois l'extérieur du sac Ziploc avec une lingette imbibée d'alcool.
- Remplissez le formulaire EMSL SARS-CoV-2 COC et placez-le dans un sac Ziploc séparé.
- Emballez soigneusement les échantillons afin d'éviter tout dommage pendant le transport. Ils doivent être enveloppés dans une poche de glace et expédiés avec celle-ci. Du papier bulle est généralement utilisé à l'intérieur d'une glacière rembourrée.
- Inscrivez clairement et lisiblement sur l'extérieur du conteneur d'expédition : CODE DE TEST M330 – RÉSERVÉ AU LABORATOIRE PCR
- Nous recommandons d'expédier les échantillons le jour même de leur prélèvement. Si l'expédition le jour même est impossible, les échantillons peuvent être conservés au réfrigérateur pendant 72 heures maximum.
- Les échantillons doivent être expédiés par livraison prioritaire le lendemain. EMSL offre la livraison prioritaire FedEx le lendemain gratuite à ses clients existants via LABConnectTM.
- Tous les échantillons de SARS-CoV-2 doivent être expédiés à l'adresse suivante. (REMARQUE : les échantillons ne peuvent être reçus que du lundi au vendredi). Des étiquettes FedEx sont fournies pour l'expédition via LABConnectTM.
EMSL Analytical, Inc.
**CODE DE TEST M330 – RÉSERVÉ AUX LABORATOIRES PCR**
200 Route 130 Nord
Cinnaminson, NJ 08077
- Tout échantillon arrivant mal expédié, endommagé ou présentant des fuites sera rejeté, non traité et jeté.
Instructions pour l'échantillonnage des eaux usées concernant le SARS-CoV-2
Recommandations pour le prélèvement d'échantillons
- Collecter les eaux usées brutes qui n'ont pas été traitées chimiquement.
- Se référer aux méthodes normalisées d'analyse de l'eau et des eaux usées (section 9060) pour
suggestions sur les procédures d'échantillonnage des eaux usées. - Prévoyez de prélever des échantillons représentatifs de l'eau analysée.
- Prenez des précautions pour éviter de contaminer les échantillons. Portez des gants jetables propres lors du prélèvement.
Prélevez des échantillons et évitez de toucher le goulot du flacon avec les mains ou toute autre surface. - Les échantillons doivent être expédiés le jour même de leur prélèvement.
Instructions de prélèvement et d'expédition des échantillons
Porter un équipement de protection individuelle (EPI) approprié :
- Gardez le flacon d'échantillon bien fermé jusqu'au moment du prélèvement. Retirez le bouchon et ne posez pas le flacon sur une surface quelconque. Veillez à éviter toute contamination extérieure lors du prélèvement et à ne pas contaminer l'intérieur du bouchon ni le goulot du flacon.
- Ce test nécessite 100 ml d'eaux usées brutes non traitées chimiquement par échantillon. Lors du prélèvement, remplissez le flacon stérile jusqu'au goulot, en laissant un espace d'air au-delà du repère de 100 ml. Refermez immédiatement le flacon et vissez-le fermement.
- Essuyez l'extérieur de la bouteille avec une lingette imbibée d'alcool et étiquetez l'extérieur de la bouteille avec des identifiants d'échantillon uniques qui correspondront à la chaîne de traçabilité (COC) à soumettre.
- Replacez le flacon dans le sachet à bulles d'origine et fermez-le hermétiquement. Vous pouvez également l'emballer dans deux sachets refermables hermétiques.
- Essuyez le sac emballé dans du papier bulle avec une lingette imbibée d'alcool.
- Remplissez le formulaire EMSL SARS-CoV-2 Chain of Custody, placez-le dans un sac à fermeture éclair séparé et scellez-le.
- Emballez soigneusement les échantillons afin qu'ils ne soient pas endommagés pendant le transport. Les échantillons doivent être emballés et expédiés avec un bloc réfrigérant. On utilise généralement du papier bulle à l'intérieur d'une glacière rembourrée. Expédiez les échantillons dans le conteneur d'expédition isotherme fourni.
- Inscrivez-vous à l'extérieur du conteneur d'expédition de manière à ce que ce soit clair et lisible :
CODE DE TEST M330 – RÉSERVÉ AU LABORATOIRE PCR - Les échantillons doivent être expédiés le jour même de leur prélèvement. Si l'expédition le jour même est impossible, les échantillons doivent être maintenus au froid (< 8 °C) pendant leur transport jusqu'au laboratoire pour analyse. Les échantillons d'eaux usées peuvent être conservés entre 2 et 8 °C pendant 72 heures maximum après leur prélèvement.
- Les échantillons doivent être expédiés par livraison prioritaire le lendemain. EMSL offre la livraison prioritaire FedEx le lendemain gratuite à ses clients existants via LABConnectTM.
- Tous les échantillons de SARS-CoV-2 doivent être expédiés à l'adresse suivante. (REMARQUE : les échantillons ne peuvent être reçus que du lundi au vendredi).
EMSL Analytical, Inc.
**CODE DE TEST M330 – RÉSERVÉ AUX LABORATOIRES PCR**
200 Route 130 Nord
Cinnaminson, NJ 08077
- Tout échantillon arrivant mal expédié, endommagé ou présentant des fuites sera rejeté, non traité et jeté.
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